ESTANDARTE
El primer estandarte de la Cofradía fue de tela de seda blanca, teniendo en la parte delantera un óvalo con la Virgen y el Niño Jesús, pintada sobre tonos azules, y a ambos lados de la Virgen, un niño que es rodeado por el brazo de ésta, y en el otro lado, la figura de San José de Calasanz con una rodilla apoyada en el suelo. El modelo estaba sacado de la medalla de Congregación de la Virgen de las Escuelas Pías y San José de Calasanz. En la parte trasera, también pintado, el nombre de la Cofradía; y, como remate, flecos granates, todo ello sujeto en una barra cromada que acababa en una cruz.
El primer estandarte no gustó a la Junta; lo que hizo que en 1946 se planteara la posibilidad de hacer uno nuevo de mayor valor artístico. Sin embargo, ante la proximidad de la Semana Santa, el P. Luis Arsuaga, director espiritual de la Cofradía, encargó a las Religiosas del Refugio de Bilbao el embellecimiento del estandarte, al que se añadió alrededor una franja de tela granate con dibujos bordados en oro.
Fue en noviembre de 1947 cuando, después de estudiar varios diseños, la Junta eligió por unanimidad el modelo definitivo del estandarte que, bordado y no pintado como el primero, tendría las siguientes medidas:, 80 centímetros de ancho por 90 centímetros de altura, siendo los lados rectos en una longitud de 50 centímetros, y los restantes 40 centímetros en forma semicircular. Se encargaría a la Asociación de Damas de Honor todo lo referido a su confección.
Este nuevo estandarte se bordó en oro sobre fondo granate, llevando en el anverso el escudo de la cofradía rodeado de símbolos de la Pasión y adornado con grecas y flecos, y en el reverso la leyenda: Cofradía de la Madre de Dios de las Escuelas Pías. Se nombraría a las señoras Damas de Honor Amalia Amiano, Lola Vidaña, Carmen Lajusticia y la señora de Ormaechea, encargadas de pedir presupuestos a los conventos de Bilbao, entre ellos, los Ángeles Custodios de Begoña, de Algorta, a las monjas del Refugio y a las Adoratrices. Sería realizado por las Religiosas Madres Adoratrices, conforme a un dibujo de Carmen Lajusticia, ajustado a las previsiones de la Junta, que lo aprobó por unanimidad. El presupuesto para su realización sería de 7.000 pesetas.
Este sigue siendo el Estandarte de la Cofradía.
Es tradición característica de la Cofradía que, en las celebraciones eucarísticas, el portador del Estandarte lo rinde, inclinándolo, durante la consagración.