 1935 debe ser considerado el año de fundación de esta Cofradía, aunque su germen se ha querido establecer en el siglo XVII a través de dos hipótesis faltas de documentación:
La primera, identifica la Hermandad con la antigua Cofradía gremial de mercaderes de la aduana de especias (1611), ubicada en el antiguo monasterio de S. Basilio (hoy Escuelas Pías).
La segunda, relaciona la Cofradía con la "de la Sangre de Jesucristo" que existía en el convento de la Merced (hoy Gobierno Militar) y realizaba sus desfiles procesionales desde 1613. Ninguna de estas dos versiones puede considerarse cierta, al no encontrarse ningún rasgo de manifiesta claridad y evidencia que nos lleve a instituir en alguna de ellas un origen remoto.
Se puede afirmar rotundamente que el origen de esta Cofradía se remonta al día 8 de febrero de 1935, fecha en la que se firma el acta de su constitución. Fue fundada por alumnos y antiguos alumnos del Colegio PP. Escolapios destacando entre ellos D. Félix Infantes Vílchez, D. Miguel García Batle, D. José Gómez Sánchez-Reina y el Sr. Fernández Fígares. La Cofradía nace como una institución religiosa de especial relevancia en la vida del colegio, del que recibió durante un largo periodo de tiempo su tutela, apoyo y cooperación de indudable importancia para su posterior desarrollo.
La primera salida procesional se realiza el Jueves Santo, 18 de abril de 1935, desde la Iglesia de los Escolapios (hoy Parroquia de S. José de Calasanz) hasta la Santa Iglesia Catedral. Al no encontrarse aún federada la cofradía, desfiló con el nombre de "Procesión del Cristo de la Expiración organizada por la Hermandad de la Santa Cena". Constaba de un solo paso, un Crucificado que se veneraba en la Iglesia de S. Ildefonso y que actualmente se encuentra en la Iglesia de Ntra. Sra. de las Mercedes. El orden del desfile procesional fue el siguiente: Guardia Municipal Montada, 4 tambores de Infantería, Cruz de Guía con dos mayordomos de marcha, Faroles guías, sección de penitentes sin capa, un campanillero, dos celadores y un directivo, Bandera de la cofradía, cuatro maceros de escolta, un campanillero, sección de penitentes con capa, Faroles bajos, un campanillero, tres celadores y un mayordomo de marcha, Mayordomos, Hermano Mayor y escolta, Incensarios y ciriales, Trono del Stmo. Cristo de la Expiración con escolta de maceros, Clero (en la presidencia iba el coadjutor de S. Ildefonso D. José Olveira y otros coadjutores de la misma iglesia revestidos de capas y de dalmáticas) Representaciones de las demás Cofradías, Cuerpo de señoras y señoritas camareras de la Hermandad de la Santa Cena, Presidencia oficial, Guardia Municipal montada cerrando la marcha.
De gran importancia para la salida procesional de este año fue la ayuda y la colaboración de la cofradía de la Santa Cena (en especial de su Hermano Mayor D. Miguel García Batlle) que corrió con todos los gastos del desfile y que prestó tanto los enseres necesarios como sus propios hábitos, que tenían la intencionada peculiaridad de que el capillo y el fajín eran reversibles (rojo de un lado, negro del otro), pudiéndose utilizar perfectamente en ambas procesiones. Este "invento" quedó instituido como una tradición a lo largo de muchos años.
Durante el penoso trance de la Guerra Civil se suspenden los desfiles procesionales. La vida de la Cofradía se recoge en el colegio. A pesar de los problemas motivados por el conflicto bélico, la Junta de Gobierno se esfuerza por conseguir una Hermandad independiente y digna del colegio que representa. Así en 1939 se nombra como Hermano Mayor Honorario al Excmo. y Rvdmo. Sr. Arzobispo. Las salidas procesionales se reorganizan en 1940, fecha en la que se erige canónicamente y queda adscrita a la Federación de Hermandades y Cofradías.
 Este año, gracias al gran tesón y entusiasmo puesto en el primer Hermano Mayor D. Félix Infantes Vílchez y por el R. P. Escolapio D. Oscar Fidalgo (rector del colegio), sale a la calle su segundo paso, una bellísima Dolorosa de gran devoción entre los alumnos escolapios y que se atribuye tanto a la escuela de Mena como a la de Mora. Se trata de una imagen de belleza indescriptible, de cara pequeña y dulce, con expresión en su rostro de desgarradora amargura en donde impera el dolor, el dolor de Madre abrumada por la insoportable carga de ver sufrir a su Hijo, de verlo crucificado en la Cruz, de verlo expirando si poder ayudarlo. ¿Hay Mayor Dolor?
La Virgen, en su primera salida procesional, iba engalanada con numerosas joyas; con magnífico manto de terciopelo negro; varales y ánforas de bronce; riquísima candelería compuesta por 98 candelabros de bronce estilo salomónico, junto con dos hermosos brazos de cola y manto negro bordado en su mayor parte en oro.
También desfila por primera vez el cuerpo propio de señoras y señoritas que hicieron confeccionar en el convento de las RR.MM Adoratrices un magnífico Simpecado de color negro bordado en oro y en cuyo centro figura una gran corona de espinas. Asimismo se estrenan nuevos hábitos consistentes en túnica de seda blanca, fajín negro y capillo negro con la Cruz de Santiago.
A pesar de las penurias económicas del período de la post-guerra y de ser una cofradía recién nacida, apareció ante un pueblo granadino impregnado de fervor y de emotividad religiosa por las Sagradas Imágenes. Las luces de las calles por las que el desfile pasaba eran apagadas; esta medida fue repetida durante toda la década de los 40.
La imagen del Crucificado fue sustituida en 1942 por la del Cristo de la Expiración que se venera en la Iglesia de Santo Domingo. Un nuevo palio de color negro se estrena en 1943 según diseño de los Sres. Vázquez Parra. En el centro del techo iba el escudo de la Cofradía, en el frontal, el escudo de España custodiado por dos ángeles, detrás, el escudo de Granada, y en los laterales, los atributos de la Pasión. Asimismo se estrena un nuevo Estandarte, realizado por las RR.MM Adoratrices, en el que sobre fondo de terciopelo negro aparece un libro abierto bordado en oro que contiene en su izquierda el Símbolo Mariano y en su derecha el escudo de Granada. Sus desfiles procesionales se consideran brillantes y esplendorosos por la viveza de todos sus elementos, así como por su paso por el puente del Genil.
La actual imagen del Cristo de la Expiración, realizada por el magistral imaginero granadino D. Domingo Sánchez-Mesa, fue bendecida y sacada en procesión por primera vez en 1944. El acto de la bendición fue muy emotivo, con la presencia del Excelentísimo Señor Obispo auxiliar D. Manuel Hurtado García y de la totalidad de los alumnos de los colegios.
Para la realización del Crucificado se usaron las medidas de D. Alfonso Robles del Castillo, miembro de la Junta de Gobierno. La imagen tiene la cabeza levantada, ligeramente inclinada a la derecha, mirando hacia arriba, con la boca abierta y mechones de pelo que caen sobre los hombros; su tronco bien ejecutado y proporcionado, algo pronunciada la caja torácica (en gesto de grito y dolor), con amplios pectorales; las extremidades muy tensas, manos avispadas, piernas ligeramente flexionadas que reflejan tensión y gesto de subir. Alrededor de la cintura hay un paño de cuerda con pequeño nudo a la derecha y al viento la izquierda. Su policromía es de tonos claros para destacar en el espacio abierto de la calle; apenas tiene sangre. La cruz era en un principio de madera cuadrada, siendo sustituida en 1956 por una cilíndrica, arbórea, con vetas doradas.
No necesita que nadie le cante, ni que se hagan comentarios elogiosos al arte de las manos que le dieron forma, pues el aliento se contiene al ver la impresionante expresión de quien tras horas de padecimiento esta clamando a lo alto por la paz y ofreciendo su postrer suspiro para que el perdón se derrame a manos llenas por el mundo. Su imagen representa el momento sublime en que Jesús, al límite de su resistencia humana, implorando al cielo, todavía tiene aliento para acordarse de quienes lo han humillado y maltratado, de los que le han escupido, azotado y herido, de quienes se burlan de El a los pies de la Cruz: "Padre, perdónales porque no saben lo que hacen". Es un instante supremo de amor, una muestra increíble de generosidad, un ejemplo que jamás los hombres sabríamos igualar en toda su extensión.
Conjuntamente con el Crucificado se estrenan cuatro hachones, que en 1953 fueron modificados y remozados.
 EL 21 de marzo de 1947 se celebró en el Ministerio del Aire (Madrid) el acto de entrega de un pergamino con el título de Hermano Mayor Honorario de la Cofradía al Ejército del Aire, que recibió el subsecretario del departamento general D. Apolinar Sáenz de Buruaga y Polanco. Hizo entrega de este título una comisión trasladada a Madrid a tal fin, presidida por el Hermano Mayor D. Félix Infantes Vílchez.
El Ejército del Aire, en su condición honorífica, ofrendó una corona a la Virgen del Mayor Dolor. La fecha (2 de marzo de 1950) y la hora de la bendición e imposición de la corona fue fijada por el Excmo. y Rvdmo. Sr. Arzobispo D. Balbino Santos Olivera para así poder celebrar personalmente este magno acontecimiento.
Asistieron al acto el Excmo. Sr. Subsecretario del Aire D. Apolinar Sáenz de Buruaga acompañado de su distinguida esposa doña Raquel Dans, que fueron los padrinos de la corona para hacer su entrega al Sr. Arzobispo. Asimismo se trasladaron a Granada el General Jefe del Estado Mayor del Aire Excmo. Sr. D. Francisco Fernández-Longoria, el Teniente Coronel Sr. Alonso, así como jefes y oficiales del Ejército del Aire. También asistieron diversas autoridades locales entre ellas las del Gobernador Civil, el jefe provincial del movimiento Sr. Fernández Victorio, el alcalde accidental Sr. Osorio, Coroneles de Aviación en Granada Sres. Gutiérrez López y Ruiz Jiménez, el Consiliario de la Federación de Cofradías Monseñor Fernández Arcoya, el Vicepresidente de la Diputación Sr. Castilla y representaciones de todas las Hermandades.
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